2026年9月23日，深圳税务部门近期持续强化股权转让类交易的大数据风险筛查，结合本月更新的办税指南及最新稽查案例，深圳公司转让过程中的税务合规问题成为不少市场主体关注的焦点。不少交易双方因对政策不熟悉、申报不规范，最终面临税款追缴、滞纳金甚至罚款，造成不必要的损失。

未如实申报纳税的追罚风险

深圳公司转让涉及的印花税、企业所得税或个人所得税是法定纳税义务，切勿通过阴阳合同、低价转让等方式隐匿收入。据2026年9月深圳税务公开案例，有企业因股权转让后未申报印花税及企业所得税，最终被税务机关追缴税款及滞纳金近1.3亿元，并处以相应罚款；另有企业因司法强制转让股权后零申报，被大数据监控识别风险，最终补税加罚款合计超200万元。

特殊性税务处理的适用误区

不少企业在关联方公司转让时盲目适用特殊性税务处理政策，实际上根据深圳市税务局2026年更新的办理要求，只有100%直接控制的居民企业之间按账面净值划转股权，且具备合理商业目的、12个月内不改变原经营活动、双方均未确认损益等条件，才能申请递延纳税，且需在汇算清缴期内提交7项指定材料，不符合条件随意适用将直接触发税务核查风险。

历史欠税的连带承担风险

当前深圳税务已建立“信用+风险”的监管体系，公司转让前若存在未结清的欠税、滞纳金或税务违法记录，受让方在完成股权变更后很可能需要承担连带清缴责任。建议在深圳公司转让前，务必完成税务尽调，核查目标公司的纳税申报记录、发票合规情况，避免承接历史遗留税务问题。

深圳公司转让的税务合规要求细致，涉及政策适用、资料留存、申报流程等多个环节，普通市场主体很难全面把控风险，建议交易前提前咨询专业财税服务机构，提前排查风险点，确保转让流程合规顺畅。